En 1800, la situation des hôpitaux et des hospices est désastreuse.
Pendant les dix années qui ont suivi la Révolution française, les différents gouvernements font de l’assistance aux pauvres une de leur priorité. La pauvreté est considérée comme une question collective, qui doit être organisée et administrée. C’est le début d’une administration hospitalière moderne.
Les hôpitaux jusqu'alors gérés par le clergé catholique, sont nationalisés par décret du 23 messidor de l’an II (11 juillet 1794) permettant ainsi leur laïcisation. L’Etat prend donc en charge les citoyens pauvres et malades. En 1792, la Convention a déclaré Biens Nationaux toutes les propriétés des hôpitaux. Ces derniers n’ont alors plus les moyens financiers pour accueillir tous les pauvres, au moment où le pays connait de plus en plus de misère.
L’Etat confie la gestion des établissements hospitaliers aux communes et rétablit leurs revenus par la loi du 16 vendémiaire de l’an V (7 octobre 1796) « Loi qui conserve les hospices civils dans la jouissance de leurs biens et règle la manière dont ils seront administrés ».
Ainsi, la municipalité prend place dans l’administration des hôpitaux et des hospices : le maire nomme une commission de cinq membres résidant dans le canton qui élisent entre eux un président et choisissent un secrétaire. Chaque commission nomme, hors de son sein, un receveur, qui lui rend compte tous les trois mois.
Les établissements destinés aux aveugles et aux sourds et muets, restent à la charge de l’Etat.
La loi du 16 messidor de l’an VII accroît la surveillance des municipalités dans la gestion hospitalière puisque les villes approuvent les arrêtés de la commission, le choix des employés, les marchés et les comptes du receveur.
Une parenthèse dans la « municipalisation » des hôpitaux est ouverte par la loi du 28 pluviôse an VIII puisque c'est le sous-préfet qui assure la surveillance hospitalière. L'échelon municipal dans l'administration hospitalière est rétabli dès le 25 floréal an IX : le maire devient le président de droit de la commission administrative des hospices de sa commune.
L’Etat n’intervient pas directement dans ce domaine, il en assure la tutelle via le préfet qui contrôle l’administration et la comptabilité des établissements hospitaliers.
Après la promulgation de ces lois, la Haute-Garonne compte une quinzaine d’établissements hospitaliers.
Cette rationalisation des établissements hospitaliers aboutit à la distinction entre les hôpitaux et les hospices. En effet, la loi du 7 août 1851 distingue les hôpitaux où l’on soigne les personnes malades et les hospices qui accueillent les incurables, les vieillards et les enfants abandonnés. Cette distinction repose essentiellement sur la capacité ou non des indigents de travailler. Dans les faits, seules les grandes villes comptaient plusieurs établissements ; dans les zones rurales, on parlait souvent d'hôpital-hospice.
L'instruction du 8 février 1823 crée le poste d'économe qui est désigné par le préfet sur proposition de la commission. Il reçoit « du receveur de l'établissement tous les produits en nature » et dresse de cette réception « des procès-verbaux dont une expédition sera remise au receveur pour sa décharge ». Cette instruction limite également le nombre d'employés.
Le traitement de la folie fait l’objet d’une réglementation particulière avec la promulgation de la loi du 30 juin 1838. Elle oblige chaque département à se doter d’un établissement spécialement destiné à recevoir et soigner les aliénés. C’est chose fait en Haute-Garonne avec la construction de l’asile de Braqueville (futur hôpital psychiatrique Marchant) qui ouvre ses portes en 1858.
La loi du 7 septembre 1919 impose la création de sanatoriums dans tous les départements afin de lutter contre la tuberculose. Le préventorium de Salies-du-Salat
est créé en 1896 et devient un établissement départemental en 1926.
Ces deux établissements hospitaliers sont les seuls en Haute-Garonne à avoir un statut départemental.
Le décret du 29 juillet 1939 relatif aux hôpitaux et aux hospices doit « mettre l'organisation des services hospitaliers en harmonie avec les conditions de la vie contemporaine ». La loi de 1941 et son décret d'application du 17 avril 1943 font de l'activité de soins la principale mission de l'hôpital en tant qu'établissement sanitaire et social et lui donne un cadre juridique. Apparaît le fonction de directeur, qui est nommé par le préfet du département. Cette loi marque la fin des hospices, ils sont alors remplacés par les maisons de retraite
